最新のNOOBS(2.1.0)をダウンロードして、Raspbian Jessie with Pixelをインストールし直したところ、特に何もしなくてもScratch 2.0が動きました。今回確認したOSのカーネルバージョンは4.4.34
Flashをインストールする必要はなし
以前、Raspbian Jessie with PixelにFlashをインストールする記事を書きましたが、この必要はなくなりました

【Raspberry Pi】Raspbian Jessie with PixelのChromiumにFlashを入れる
【2017.1.30追記】 現在公開されている「Raspbian Jessie with Pixel」では標準でScratch 2.0が動作します。この記事の作業を行う必要はありません 「Raspbian Jessie with Pixel...
ChromiumにインストールされているFlashのバージョンは11.2.999.999。バージョンは以前と変わっていないようですが、Scratchは問題なく起動します。何が変わったんでしょうね??いずれにしても、面倒臭いインストール手順を踏まなくていいのは良い事です
デフォルトでは、Flashが再生される前に確認画面が入ります
これはChromiunの設定で変更できます。URLの入力欄にchrome://pluginsと入れれば設定画面が表示されるので、「常に実行を許可する」をチェックしておけば、次からは確認画面なしでScratchが起動します
1つ問題点
フォントが中華フォントという微妙におかしなフォントであるのは変わっていませんでした。これは別途変更する必要があります
変更方法は以下の記事をご参考ください。Notoという日本語フォントを入れて、それをシステムフォントに変更すれば、ちゃんとした日本語フォントで表示されるようになります

【Raspberry Pi】PixelのシステムフォントをNotoに変更する
ブログのコメントで教えてもらうまで気づきませんでしたが、Raspbian Jessie with Pixelの標準の日本語フォントはいわゆる中華フォントというフォントが使われています。使用にあたってはほぼ問題ないレベルなのですが、特定の漢字...

【Raspberry Pi】Scratch 2.0での漢字が正しく表示されるようにする
前回の記事ではシステムフォントをNotoに変更しました。 これで、OS自体が表示するフォントが正しい日本語フォントになりました。ですが、Flashプラグインで動くScratchのフォントはおかしな日本語フォントのまま。今回はそれを解決します...
カメラは使える?
残念ながら、Scratchでカメラが使えない問題は解消されていませんでした
標準でScratch 2.0が動かないので、仕方なく1.4を使っていた人も、これを機に最新のRaspbian Jessie with Pixelをインストールしてみてはいかがでしょうか