当たり前といえば当たり前ですが、表題の通りです。ユニバーサルアプリ(iPhone/iPad両対応)じゃなくても、iPhoneアプリはiPadにインストールすることができるので、iPadでもちゃんと動作しないとリジェクトになります
iPhoneでちゃんと動いてるんだから大丈夫だろうと動作確認しなかったら、iPadで不具合が出ていてリジェクトになりました。
具体的にはiAdの部分。iPadでiPhoneアプリを動作させるとiAdが読み込まれず、iAdが読み込まれることを前提とした処理をしていて落ちてしまっていたようです。
大抵のアプリは問題ないと思うのですが、面倒でも一通り動作確認はしたほうが良さそうです。